从出生到衰老，从长出智齿到掉落第一根白发，时间总是不露声色地在每个人身上行过。如果一个人的死亡日期是一个明确的时间，他的人生会不会活得更有意义一些？
这个问似乎饱含哲学意味，实际上确实有那么一批人正在经历着这一命运。他们清楚地听到死神的脚步从远至近，一步步地向耳边踏近。他们除了忏悔和赎罪以外，无法再做任何使人生增具意义的事情。这是属于死刑犯的最后人生，人们总以“罪有应得”的眼光审视他们。但是在影片《绿里奇迹》中，一位名叫戴尔·科菲的犯人使这个寻常故事变得有所不同。
保罗·艾治科姆是养老院一位双鬓发白的老人，这一天，他像往常一样起床，吃东西，在林间散步。休闲时间，老人们聚在一起看电视，电视放映的一部老片子突然使保罗潸然泪下。随后，他向另一位老人讲述了发生在六十多年前那个缠绕他一生的离奇故事。
1935年正值经济大萧条，保罗在一家关押死刑犯的监狱当监狱长，那时他正在被严重的尿道炎所折磨，每次上厕所都令他疼痛难忍。监狱的另一头是行刑室，罪犯将在这里坐上电椅，接受死刑。因为走向行刑室的路上铺着绿色的地板，所以监狱里的人称行刑为“绿色旅程”。
即便面对着犯下重大罪过的死囚，保罗依然用善良和关怀的态度来面对他们。他的同事豪威尔等人同样对囚犯抱以尊重，唯有佩西性格乖张暴戾，做事胆小却有施虐倾向。他是一位后台强硬的关系户，到监狱任职只是为了体验执行死刑的快感。由于佩西不服管教，保罗等人都盼望着他能尽快调离。
这一天，监狱里迎来了一位叫约翰·科菲的新囚犯。他身形高大仿若巨人，为人却老实听话，与外表形成巨大反差，除此之外还十分怕黑。他被安排在走廊尽头的牢房，那时没有人预料到，监狱因为他的到来即将发生翻天覆地的变化。只有保罗察觉到科菲身上散发的与众不同的特质，特地翻阅了科菲的卷宗，难以置信的是，这个胆小拘谨的大块头竟残忍地杀害了两个小女孩。
与科菲同时出现在监狱的还有一只老鼠，他还出现在监狱长廊，出现在行刑室。保罗和豪威尔等人一开始像面对宠物一样给它喂食，观察它的一举一动，直到它跑进禁闭室捣乱才想要抓住它。监狱的生活单调规整，人们对新事物的出现总是抱以欢喜。然而当佩西遇到这只老鼠时，却产生了极大杀心，在狱中闹出巨大的动静，保罗到场后狠狠地训斥了一番。最后这只老鼠被囚犯戴尔所驯服，成为它的宠物，并取名为“金格先生”。
科菲第一次展露神迹是在威灵·沃顿到来的那天。沃顿是监狱中最狡猾恶毒的凶犯，刚到监狱时便袭警闹事，把众人打倒在地。那天保罗又尿道炎复发，毫无还手之力，佩西在一旁吓得无法行动，多亏豪威尔及时赶到，制伏了沃顿。事情结束之后，科菲把保罗叫到牢房门口，将手抚在他的生殖器上，保罗突然无法动弹，囚犯戴尔吓坏了，拼命呼救。牢房中的灯泡慢慢亮起直至爆裂，整个过程好似武侠片中传输内功一般。事情结束，保罗突然感到好受了许多，而科菲的嘴中突然吐出了许许多多像飞虫一样的东西。保罗问他做了什么，科菲告诉他，他把他的病给治好了。
时光飞逝，很快到了戴尔接受死刑的日子。他害怕自己死后金格先生无处可去，便找保罗和豪威尔商量，豪威尔为了安抚他，虚构出了一个名叫“老鼠村”的地方，金格先生将会在那里成为大明星。戴尔听后欣喜若狂，仿佛死亡也不再是一件可怕的事情。这时滚筒掉落在地上，老鼠跑出去追逐时，被佩西一脚踩死。戴尔的情绪猛然崩溃，疯狂地哭泣并辱骂佩西。佩西小人得志般扬长而去。
监狱的另一头，科菲突然伸出手来。“把它给我，也许还来得及。”保罗想起自己被科菲治愈的情形，在众人怀疑的目光下将老鼠的尸体给了科菲，科菲将老鼠握在手中，掌心内闪烁出光芒，死去的老鼠竟奇迹般地重获新生，飞快地跑向戴尔身边，而科菲依旧痛苦地从嘴巴中吐露出飞虫。
戴尔和佩西也因这件事结下梁子，内心阴暗的佩西时刻寻找着复仇机会。行刑的那天终于到了，犯人坐上电椅之后，照例要把打湿的海绵放置头顶，以便电流迅速通入脑门，使罪犯立即毙命。但是当佩西执行戴尔死刑的时候，却故意没有打湿海绵。于是戴尔坐上电椅之后，发出撕心裂肺的叫声，全身散发出白烟。这是一场行刑事故，把当场所有人吓坏了。敏锐的保罗意识到了海绵有问题，但是死刑一旦启动就无法停止，所有人只能眼睁睁地看着戴尔被活活烤焦，场面惊恐瘆人。
戴尔死后，科菲告诉保罗，他能感受到别人的痛苦，这是他神奇能力的一部分。“可怜的戴尔，我在这里感觉到了。他终于解脱了，他很幸运。无论过程如何，戴尔算是幸运的了……”戴尔在“绿色之旅”上经历了比其他死刑犯痛苦数倍的遭遇，但是科菲仍为他感到欣慰，他站在感同身受的立场上说出了这样一句话。当一个人的死也能成为一件令同情者感到幸运的事的时候，他活着时的痛苦便拥有了无比沉重的分量。
充分了解到科菲的能力之后，保罗想到了莫斯患有绝症的妻子梅琳达，想要借助科菲的能力将她治愈。他和同事制定了严整的计划，在一个宁静的夜晚将科菲带出监狱，送往了莫斯的家中，突破了重重阻碍，科菲在梅琳达面前再次展现了强大而又神奇的能力，使梅琳达老态龙钟的面容中重新焕发了生机，获得了健康的生命。然而这一次，科菲没有把病魔形成的飞虫从嘴巴里吐出来，而是等到回到监狱之后，将其注入了佩西的身体中。佩西顿时失去了灵魂，神志不清中将另一位囚犯沃顿开枪射杀。
保罗问其原因，科菲把手伸向保罗，把自己的能力传输给了保罗，事情的真相开始在保罗面前一一展露。原来，沃顿才是科菲一案中杀害那两个小女孩的真正凶手，而科菲只是在小女孩死后尝试用自己的能力救治却没成功，反而被误认是罪犯。“他利用她们对彼此的爱杀了她们。”科菲说道，“每一天都是这样，世间所有的痛苦我都感同身受。”
在他漫长的人生当中，纵使拥有这样神奇的能力，在这个灾难横行的世界上，依然显得渺小无力。上帝对他的不公在于，他能共享所有人的苦难，却只能拯救其中一小部分人。失望和痛苦接踵而至，当他被指认为杀害小女孩的凶手时，他没有做任何辩驳，只是喃喃地说：“太迟了，一切都太迟了。”这是善良者的命运，当他面与罪恶拼命抵抗而无济于事时，把自己当成是罪恶的帮凶。
这样的能力与遭遇，多么像两千年前那个伟大的救世主，只是十字架变成了电椅。保罗问他：“当我在大限之日，在上帝面前接受审判，问我为什么毁了他的神迹，我该怎么回答？因为这是我的工作吗？”多像是一个荒唐的借口，在生死的抉择面前，谈论的不是是非、爱恨以及一切庄重的价值观，仅仅是因为“工作”是把死刑犯送上电椅，而且还是一个拥有神力的清白之身。
“你告诉天父，你这是在行善。我知道你很伤心，很烦恼，我感觉得出来。我想做个了断，真的，我好累。我不再想像孤鸟一样单飞，我不想再过没有朋友的日子，我希望有人能告诉我该何去何从，我不想再看到人间的尔虞我诈，我不想每天再承担全世界的痛苦。世上的痛苦实在太多，像玻璃般无时无刻刺痛我的脑袋……”对于科菲而言，他只是想寻死罢了，无论那头是电椅，是子弹，是绳索。他只有一个要求，当他坐上电椅，保罗问他有什么需要的时候，他回答：“别为我戴上头套，别把我关在黑暗中。”随着电流启动，科菲受刑，屋子里明亮的灯泡一个个破裂。苍茫人世，才是最黑暗的那间屋子。
几十年过去后，保罗也成为了白发沧桑的老人，科菲的能力使他长生不死，当他在养老院和另一位朋友讲述这些事情时，已经是108岁的高龄，并且似乎仍将长久地活下去，而他的好友、妻子和儿子都已经相继离世，他的晚年是一个注定孤独的旅程。
年轻的时候，活着是一件美妙的事，我们拥有大把的时间谈论死亡；年老的时候，活着是一件糟糕的事，所有的时间只能用来谈论死亡。影片最后，保罗没有因为悲剧的人生而急于寻死，他扼杀了上帝的神迹，并决心为此赎罪。
这个世界从来不是个尽善尽美的世界，有时也逼苏格拉底喝下毒汁，有时也是烧死布鲁诺和圣女贞德的那把恶火。天灾肆横，疾病贫穷，而人的恶行有时更显丑陋与病态，只有一部分人仍在抵抗，行善世间，最后以一种富有意义的姿态愤然赴死。从这个角度看，耶稣走上十字架，科菲踏上“绿色旅程”，并不是对罪恶的无奈，而是对罪恶的反抗。
